出雲大社東京分祠は、出雲大社八十代宮司で出雲大社教の初代管長である千家尊福 [Senge Takatomi] 公が、東京及び東日本の御神徳宣布のため、明治１1年１月１1日、 千代田区神田にある神田神社社務所内 [Kanda Shrine] に、東京出張所を設けたことに始まります。
やがて、明治政府の宗教政策により神職による布教が禁じられたことで、明治15年5月尊福公は出雲大社教の特立をはかることになりますが、それに先立って東京出張所は明治１５年４月４日麹町区上二番町に移転されました。明治１６年５月４日には東京出張所に神殿を設立し、尊福公が親しく出雲より御分霊を奉じて鎮祭し、ここに出雲大社東京分祠が建立されたのです。
同年５月１２日には有栖川宮幟仁親王[Prince Arisugawa Takahito] の御臨席を仰いで落成式を行い、神殿には同宮の筆になる「経国治幽」の額が掲げられました。この時、明治天皇 [Emperor Meiji] から大和錦二巻を御下賜せられたこと、及び尊福公自ら建立したことは分祠の歴史の深さを示すものに他なりません。明治22年、千家尊弘 [Senge Takahiro] 出張所長の時、麻布区材木町（港区六本木七丁目）に神殿は移転されました。
明治31年にはいち早く神前結婚式を執り行い、東京における神前結婚式の端緒を開きました。また当時は、神葬祭に関しても数多の元勲の国葬を奉仕しています。
1階の登り口階段の前にしめ縄がかけてありますので、これからお邪魔しますという気持ちを込めて、一礼してからしめ縄の下をくぐりましょう。 そのまま階段を上って3階まで進んでください。この3階でお参りをさせていただきます。 階段を登り切って向かって左側に手水舎（てみずや）が有ります。 この手水舎は穢れを落とす場所で清らかな身体で神様の前に向かう為のお清めの場所です。
手水舎では以下の御作法により身体をお清めください。
1． 手水舎にて気持ちを落ち着けて姿勢を正しく保ちます。
2． 手水舎に置いてあります柄杓を右手に持ちまして水をとります。
3． 左手にその水を注いで洗い、続いて柄杓を左手に持ちかえまして水をとり、右手にその水を注いで洗いましょう。
4． 左手の柄杓を右手に持ち替え、左手のひらに一口分の水を受け、口をすすぎましょう。（直接柄杓に口はつけてはなりません）
5． 口をすすいだ後、柄杓を右手に持ちまして水をとり、左手にその水を注いで洗い終わったら、柄杓を立てて洗い流しましょう。
手水舎で身体をお清めした後、左側に祓社がありますので、こちらで心身を祓い清めましょう。
祓社の前で「祓い給え、清め給え」と3回唱えて心身を祓い清めてください。
その後、拝殿に向かいます。
神様の前では以下の御作法により拝礼します。出雲大社では他の多くの神社と違い、「ニ拝四拍手 一拝」にて拝礼致します。
1． 神前で、気持ちを落ち着けます
2． 背中を丸めず真っ直ぐにして腰を１５度に折って揖を致します
3． 拝(一拝目) 背中を丸めず真っ直ぐにして腰を９０度に折って拝を致します
4． 拝(ニ拝目) 自分が心に思っている事を祈念しまがら背中を丸めず真っ直ぐにして腰を９０度に折って拝を致します
5． 四拍手 静かに両手を胸高に伸ばし、四拍手（右手を少し下にずらし四度び打つ）
6． 一拝 背中を丸めず真っ直ぐにして腰を９０度に折って拝を致します
7． 揖 背中を丸めず真っ直ぐにして腰を１５度に折って揖を致します
